Así como en los primeros años de la república imperó el régimen militar en esta segunda, a partir de 1860, los gobiernos fueron de carácter civil salvo el período del General Ignacio de Veintimilla.

A fin de volver al estado de derecho, se convoca a una nueva Asamblea que se instala el 10 de enero de 1861 y se clausura en junio del mismo año, presidido por el primer Presidente de la República , General Juan José Flores. Uno de los primeros actos de esta Asamblea es conocer la renuncia del doctor Gabriel García Moreno a la Presidencia Interina , la cual no es aceptada. El 10 de marzo de 1861 con una mayoría casi total de 37 votos es designado Presidente Constitucional.

Los artículos 15 y 16 de la Constitución tratan de las elecciones y establecen comicios populares por medio del sufragio directo y secreto, que lo ejercerán los ciudadanos del país en su respectiva parroquia. El artículo 123 elimina la pena de muerte para los delitos de carácter político, norma que no fue acatada por el Ejecutivo, pues éste alegó que no se trataba de actos políticos, sino de acciones de carácter pirático.

A la Asamblea a más de Juan José Flores concurren, entre otros, Juan León Mera, Francisco Eugenio Tamariz, Secundino Darquea, Vicente Espinosa, Pedro José Arteta y Pablo Herrera.

Esta Asamblea expide algunas leyes importantes como la Ley Orgánica de Aduanas, Decretos que crean Colegios y Escuelas en diversas partes del país, Ley de Crédito Público, ley que tiene la finalidad de organizar un Censo General de la República , Ley de División Territorial conocida como la primera y más completa en este campo, disposición legal que permite la celebración de contratos ferrocarrileros, Ley Orgánica Militar, Ley Orgánica del Poder Judicial, Ley de Régimen Político y Ley de Régimen Municipal.

En el período que va desde 1862 hasta la convención de 1869, se emiten las siguientes disposiciones legales de importancia: la que aprueba el contrato de fundación del Banco del Ecuador celebrado entre el Ejecutivo y el señor Aníbal González; Ley que determina la forma de computar la prescripción; Ley de Procedimiento Civil; Ley Orgánica de Hacienda, Ley Orgánica de instrucción Pública y Ley de Régimen Municipal.

En 1869 Gabriel García Moreno convoca a una nueva Asamblea Nacional que se reúnen en mayo 16 y termina su función en agosto 30 de ese año. Esta expide una Constitución que es conocida como Carta Negra y elige como Presidente de la República al doctor Gabriel García Moreno.

En esta Constitución el primer mandatario dura 6 años en sus funciones y puede ser reelecto indefinidamente, da amplias facultades al gobernante, quien puede enviar ternas para la elección de miembros de la Corte Suprema de Justicia y del Tribunal de Cuentas; permite a los jueces comunes castigar a aquellos que consideren que han abusado de la libertad de pensamiento y de palabra. Prevé que para obtener la ciudadanía ecuatoriana se requiere a más del estado civil la edad mínima de 21 años y que sepa leer y escribir, el de ser "Católico".

Durante el segundo período del Gobierno de García Moreno hasta su muerte, la Función Legislativa dictó las siguientes leyes y decretos principales: Decretos sobre el Pago de las Alcabalas, Ley que Normaliza el Establecimiento de Bancos en el Ecuador; Ley que asigna fondos a la Biblioteca Nacional ; decreto que dispone la Construcción de un Panóptico en la ciudad de Quito, Código Penal, Código de Enjuiciamiento en Materia Criminal (edición 1862), disposiciones relativas a escuelas y colegios, Ley que Amortiza la Deuda Externa , Código Civil (edición 1861), Código de Enjuiciamiento Civil, Código Militar, Código de Enjuiciamiento en materia militar, Ley de División Territorial (1869), Ley Orgánica de Instrucción Pública, Ley Orgánica del Poder Judicial, Ley del Régimen Administrativo y Ley de Régimen Municipal.

La oposición del doctor Antonio Borrero, para derogar la Constitución Garciana , ocasionó una dictadura más en el país, la del general Ignacio de Veintimilla, gobierno que fue duramente atacado especialmente por Juan Montalvo. Convocó a una Asamblea Constituyente, la de 1878, que sesionó en Ambato y estuvo presidida por el general José María Urbina, Diputado de Guayaquil; fueron elegidos a ella, entre otras personalidades, Juan Pedro Carbo, Federico González Suárez, Agustín Leonidas Yerovi, Pedro José Arteta y Juan Montalvo.

La Constitución emitida por esta Asamblea tiene muchas similitudes a la de 1861 y sus normas fueron incumplidas por el mandatario, que posteriormente se convirtió nuevamente en dictador, lo que trajo consigo una oposición violenta tanto de conservadores como liberales, quienes terminaron las ambiciones del General.

El movimiento de la restauración, luego de algunos violentos combates, terminó con la dictadura y se convocó a una Asamblea Constituyente, que sesionó desde octubre 11 de 1883 hasta abril 26 de 1884, presidida por el general Francisco Xavier Salazar, a la que asisten representantes de las diversas tendencias políticas existentes en la época.

En la reunión de 11 de octubre se leen los mensajes del Gobierno Provisional y el de la Jefatura Suprema de Manabí y Esmeraldas y se encarga el poder al Doctor Ramón Borrero, hasta que la Asamblea elija uno definitivo, que lo hace el 7 de febrero de 1884 en la persona del Doctor José María Plácido Caamaño y como Vicepresidente al General Agustín Guerrero.

La Constitución establece alguna diferencia con las anteriores, como el caso de artículo 14, que elimina la pena de muerte para los crímenes políticos y comunes, salvo cuando se trate de asesinatos o parricidios.

El Congreso fue organizado en forma bicameral, formado por las Cámaras del Senado y de Diputados; el Poder Ejecutivo estaba presidido por el Presidente y existía un Vicepresidente, en lo demás las diferencias son mínimas.

Los congresos de 1885, 1886 y 1888 conocen las acusaciones contra altos funcionarios del Estado que están en funciones o que han dejado de serlo, así el primero es contra el general Agustín Guerrero Vicepresidente de la República y el Ministro de Guerra y Marina ; el de 1886 contra el ex Presidente Ignacio de Veintimilla y sus ex Ministros de Hacienda e Interior y el tercero el de 1888 contra el Ministro de Hacienda Vicente Lucio Salazar.

En el período que rige la Constitución la Legislatura expide las siguientes disposiciones legales entre otras, Ley Orgánica de Aduanas, normas que regulan la utilización del agua, Ley de Alcabalas, Ley de Aranceles, Ley de Bancos, Ley que crea el Archivo-Biblioteca de la Función Legislativa , Ley para combatir el Abigeato, Código Penal (edición de 1889), Código de Procedimiento Criminal (edición 1892), Ley de Crédito Público, Código Civil (edición 1889), Código de Minería, Ley de División Territorial, Ley sobre Emisión y Acuñación de moneda décima, Ley Orgánica de Instrucción Pública y Ley de Propiedad Literaria y Artística.